O Porto de Santos se destaca pela variedade de mercadorias que opera. Há as cargas gerais (geralmente produtos industrializados), os veículos e os granéis – que são aqueles que não são acondicionados em quaisquer embalagens. Nesse último tipo, há os sólidos, como grãos, farelos e minérios, e os líquidos, que vão do suco de laranja e o óleo de soja aos compostos químicos, os combustíveis e outros derivados de petróleo.

O complexo santista e suas instalações podem armazenar 700 mil metros cúbicos de líquidos, sendo o maior parque de tancagem deste tipo de carga no País. Assim, o Porto responde por 24% do movimentação destas mercadorias em todo o País.

Em Santos, a zona portuária conta com quatro regiões para a operação dessas cargas. A principal delas é a Alemoa, onde ocorre a maioria dos embarques e desembarques de líquidos – de compostos para a indústria química a derivados de petróleo e outros combustíveis.

Os tanques ficam na retroárea, em terrenos da União (arrendados às empresas) e privados. Na região do cais, está o Píer da Alemoa, construído em 1969 e onde os navios atracam para carregamentos e descargas. Ele é ligado aos reservatórios por dutos, que contam com sistemas de bombas para o deslocamento do material.

O píer conta com quatro berços de atracação, sendo um deles exclusivo da Transpetro (braço logístico da Petrobras). Petróleo e óleo bunker, destinados ao abastecimento de embarcações, são alguns dos produtos operados pela estatal no local. Os demais berços são utilizados pelas outras empresas instaladas na Alemoa, como a Stolthaven e a União.

A segunda área do Porto para movimentação de granéis líquidos é a Ilha Barnabé, localizada na Área Continental de Santos, na Margem Esquerda do complexo. O local possui três berços de atracação.

O cais santista ainda opera líquidos no Macuco, em Santos, e em Conceiçãozinha, em Guarujá (área fora do porto organizado).